En dag på jobbet

Idag ska ni få göra studiebesök hos mig på jobbet. Väldigt osexigt arbete, men apostdocgattadowatapostdocgattado. Häng med!

Torsdag morgon. 4 juli och ledig dag, men mina bakterier tar inte helg, så det är bara att ta hand om dem. Två dagar tidigare (på tisdagen) påbörjade jag bakteriearbetet. Jag stoppade in DNA i bakterier, vilket kallas att man transformerar. Sedan hällde jag bakterierna på plattor med medium (=bakteriemat) som är som gele. På de här plattorna fick bakterierna växa under natten, och då bildas det bakteriekolonier som ser ut som vita pluttar. På onsdagen plockade jag kolonier som jag låtit växa till i flytande medium över natten till torsdagen. Så här ser det ut när jag tar ut dem ur inkubatorn.  

I 40 av 40 rör är odlingsmediet ogenomskinligt, vilket är bra, för det betyder att det finns bakterier där i. Ner med rören i gamla centrifugskrället som är en kvarleva från tidigt 80-tal och som låter därefter.  (Jag hoppas varje dag att centrifugen ska gå sönder så att det kan köpas en ny, för den står för ungefär 90% av bullret på jobbet). 25 minuter ska rören snurra, så under tiden går vi till cellodlingsrummet och tittar till cellerna. Jag tog fram och tinade tumörceller från kryotanken igår, så idag måste de tittas till och få nytt medium. 

Om ni tycker att cellerna på bilden är misstänkt lika fibroblaster, så är det för att det är fibroblaster och inte tumörceller, som jag vanligen odlar. Tumörcellerna är bara tråkiga att titta på, de här är mycket sötare, så därför fotade jag dem istället. Ser ni att de har liksom små fötter som de sträcker ut sig med? 

I wikipedia står det så här om fibroblaster: En fibroblast är en typ av bindvävscell. Fibroblasten är en avlång stationär cell med relativt lång livstid. Vid behov delar den sig. Tja, så kan man väl också säga...mina fibroblaster har man renat fram från en tumör. De växer liksom tillsammans med cancercellerna i tumören, så just de här är cancer-associerade fibroblaster, eller CAFs, som vi kallar dem.

25 minuter har gått (under tiden har jag också börjat märka rör som jag behöver senare under dagen) och rören i centrifugen har snurrat klart. Nu är cellodlingsmediet genomskinligt eftersom bakterierna har samlats i en pellet i botten av röret. 

Ser ni pelleten i röret?
Längst bak till höger i bild står centrifugen, den gamla härken. 

Dekanterar av mediet, för det behöver vi inte. Nu ska vi preppa DNA. Märker rör, många rör. 4 rör för varje prov, så totalt 160 stycken.

Den uppmärksamme ser att jag har satt bakterierören upp och ner. Det var ganska smart trodde jag. Det var det inte. Jag tänkte liksom att det medium jag inte fick bort genom dekantering skulle rinna ner och lägga sig i locket. Det gjorde det. Men pelleten var inte tillräckligt stabil, så den hamnade också i locket. Gör om, gör rätt och centrifugera 5 min till för att rädda pelletarna. (Puh, det funkade!) 

Sen kör jag igång med DNA-extraktionen. Varken häftigt eller spännande, då det i princip bara går ut på att pipettera och centrifugera om vartannat. 

Det är ganska bra att veta hur mycket DNA man har i varje rör, så när jag är klar med extraheringen mäter jag DNA-koncentrationen. Här kunde man ju hoppats på en cool apparat, men nä, det är en ganska intetsägande mackapär kopplad till en dator. 

Och sen skriver man DNA-koncentrationen på respektive rör. Det är smått och pilligt. 

Och sen vill jag sekvensera mitt DNA för att verifiera det jag har fått fram. Men det slipper jag göra själv, så jag bara förbereder mina prov, skickar en beställning, ställer rören i två askar och fäster beställningen runt om. Very hightec. Sen kommer resultaten på mailen.

Så, det där var 4 timmars arbete! Roligare än så blir det inte. (Fast det är faktiskt ganska roligt.) Tackade nej till erbjuden sangria (några tappra labkollegor var också på jobbet, men jag vet inte om det var så labrelaterat det som de höll på med, för de gjorde tydligen sangria som skulle serveras på Beer hour dagen efter) och gick hem och somnade i soffan. Det är jobbigt att jobba.

P.S Och vän av ordning undrar givetvis varför jag inte lämnar rutinjobbet och helgjobbet till min tekniker. För att jag inte låter min tekniker jobba på helgen, givetvis. Jag är en snäll boss.